临床医学研究论文由于报告的内容和目的不同而有不同的撰写形式，常见的有论著、病例报告、短篇报道或来信、综述和述评等，这里仅涉及论著形式的论文写作。
研究论文为了让读者容易理解，必须遵守精确、清晰和简洁三项基本原则。精确性是与科研工作的严肃性一致的，要求严格尊重客观事实、数据、图表和参考文献;清晰性是指必须把所要说明的问题说清楚，不要含糊不清，让读者产生误解，或者去猜测;简洁性是要求简短，不要出现感情色彩的形容词和副词，更应该避免无用的套话。
多年来，论著形式论文的基本结构已形成了一种相对固定的格式，主要部分有：前言、材料和方法、结果及讨论。前言主要是说明本文的目的和意义，可以适当回顾历史背景和理论根据，扼要提示所用方法和主要成果，写法要求言简意赅，点明主题;材料和方法应详细说明研究对象、所用材料和所采用的方法，其目的是使读者具体了解该研究的实际内容，一方面便于理解和评价研究结果，另一方面便于他人验证，任何科学成果必须能够在同样条件下重复出同样的结果才能得到公认，因此，描述材料和方法以使读者能进行重复为度，过分简略不行，过分详尽也无必要;结果是论著的核心部分，应将研究过程中所得到的各种资料和数据进行分析、归纳，经过必要的统计学处理，然后用文字和各种图表加以表达，要求高度真实和准确，不能有任何虚假或含混不清，不论结果是阳性还是阴性，肯定还是否定，符合预期还是不符合预期，临床应用成功还是失败，都应该如实地反映，所有数据都要经过相应的统计学处理，并且认真计算，消灭错误;讨论主要是对研究结果进行阐明、推理和评价，通常讨论的问题有：阐述该文研究的原理与机理，说明该文材料与方法的特点及其得失，分析该文结果与他人的异同及优缺点，根据该文结果提出新假设、新观点，对各种不同学术观点进行比较和评价，提出今后探索的方向，等等，最重要的一点是讨论必须紧紧扣住该文的研究结果，突出自己的新发现与新认识。
论文写作是研究工作的最后部分，是从现象到本质的理性过程，是让别人了解自己研究工作最主要的方法。论文初稿完成后，还需要进一步认真审查和修改，修改的重点是使布局更合理，内容更精练，论点更明确，数据参考文献等要仔细核对，文字图表等要反复推敲。修改最好不在完成论文后立即进行，宜先放一下，经过反思，数日后再进行修改，直至满意为止。
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